Прошло у меня 9 лет с момента получения первого временного вида на жительство в Испании, сейчас у меня уже статус - постоянный резидент. Хочу переехать в Прагу и пожить там более 3-х месяцев, что мне нужно для этого?

Если вы просто собираетесь пожить в Чехии, то особых препятствий в этом нет, никто не может проконтролировать, как долго вы находитесь в стране. Границ нет, и соответственно штампов в паспортах тоже. Другое дело если вы собираетесь здесь заниматься бизнесом, или работать по найму.Тогда ваше пребывание необходимо зарегистрировать согласно закону о пребывании иностранцев в Чехии.