После регистрации фирмы и подготовки необходимых документов для получения ВНЖ, могу ли я подавать документы на ВНЖ в самой Праге, а не в посольстве Чехии в Киеве.

К сожалению нет, по закону подать документы на ВНЖ вы можете в любом посольстве Чехии, кроме самой Чехии. Продлевать визу вы можете только в Чехии.