Не вижу причин почему бы нет. В список документов для ВНЖ справка от врача не входит. Другое дело, что вы не сможете так легко оформить договорную медицинскую страховку, но как учредитель фирмы в Чехии, вы можете оформить для себя страховку ВЗП, которой пользуется большинство населения Чехии.