Добрый день, Нина.
Что касается вопроса, были случаи продления ВНЖ у тех людей, которые не проживали установленные законом сроки в Чехии, то в прошлом году были. Если человек смог доказать, по какой причине он не смог выполнить требования закона о пребывании иностранцев в Чехии, то визы он не лишался.
Но, это было в прошлом году, в условиях действия старой версии Закона об иностранцах и совершенно иной структуры - полиции по делам иностранцев. В настоящее время существует новая новелла Закона и новая структура по делам иностранцев - ОАМП МВ ЧР ( Отделение азиловой (беженцы) и иммиграционной политики при министерстве внутренних дел ЧР). Т.к. новые условия, регулирующие пребывание иностранцев в Чехии, существуют непродолжительное время, то, безусловно, только будущее покажет, какие параграфы закона будут соблюдаться на все сто процентов. Но, закон - есть закон, и любая государственная структура призвана быть на страже Законов своей страны. Если мы вернемся к Закону об иностранцах, то, даже при беглом его прочтении, можно увидеть несколько статей, которые, в той или иной мере, но все же, регулируют срок проживания иностранца в Чехии при наличии ВНЖ. Например, параграф 37(2б), где сказано, что виза будет аннулироваться при несоблюдении условий выдачи долгосрочной визы.
Т.к., само название, что первой долгосрочной визы D, что дальнейших виз L - ВНЖ, подразумевает именно долговременное проживание в Чехии, то скорее всего, рано или поздно, при продлении ВНЖ будут обращать внимание на срок проживания в Чехии.
Советовать что-либо в вечном вопросе: иметь или не иметь, мы не можем. Это Ваша жизнь и решать Вам.