Скажите, а могут ли работать в компании сотрудники не официально?
И в чём заключается смысл получения рабочей визы для себя, если я учредитель компании? Это даёт каки-то преимущества? Может ли получить рабочую визу директор компании?

Вы конечно можете попробовать, что бы ваши сотрудники работали "на черно", но это чревато крупными неприятностями и штрафными санкциями.
Что касается рабочей визы, то любой учредитель фирмы, и директор в том числе, может после официального трудоустройства претендовать на получение рабочей визы.

А какой смысл директору или учредителю получать рабочую визу? Это даёт какие-то преимущества?

Преимущество заключается в том, что во первых при первичном получении срок рассмотрения документов на рабочую визу 60 дней вместо 120.
И во вторых,уже находясь в Чехии, вы сможете работать не только на своей фирме, а на любой другой по договору между вашей фирмой, и фирмой заинтересованной в вас как специалисте.

Для получения ВНЖ среди прочих документов также требуется подтверждение банка наличия определённой суммы на счету. А нужно ли это для получяения рабочей визы по собственной компании?

При получении рабочей визы наличие банка так же является обязательным документом.