Передо мной стоит вопрос- вначале купить дом на физическое лицо и подавать на ВНЖ? или податься на ВНЖ и в процессе купить дом на физ. лицо или на фирму? Не будет ли наличии недвижимости камнем предткновения в получении долгосрочной визы? Я же еду в Чехию исключительно заниматься "предпринимательством".

Приобретение недвижимости ни на физическое лица, ни на юридическое лиц прямого влияния на получение ВНЖ не имеет. Оно скорее носит относительный характер, тк данный аспект скорее корректируется человеческим фактором.
Но в глазах консульских работников и работников полиции для иностранцев наличие недвижимости может принести Вам следующие значительные плюсы:
- Юридический адрес Вашей компании может быть зарегистрирован на Вашу недвижимость
- Прописка будет предоставляться также по адресу Вашей собственной недвижимости
Как в Посольстве,так и в полиции по делам иностранцев, скорее всего возникнет меньше вопросов при рассмотрении вашей заявки на ВНЖ, в том случае если у вас уже будут вложены некоторые инвестиции в виде купленной недвижимости в Чехии.

Существуют определенные плюсы у приобретения недвижимости на физическое лицо,по сравнению с приобретением на юридическое лицо.
С ними можете ознакомиться здесь