Насколько это будет сложно сделать?

Ещё и закона такого нет, не то что подзаконных актов. Да и будет ли такой закон еще не известно. Давайте посмотрим что будет через пол года, хорошо?
В любом случае я не вижу проблемы в том на физ лицо оформлена недвижимость или на фирму. Все равно недвижимость ваша. Кроме того для того чтобы пользоваться недвижимостью приезжая в Чехию, лучше иметь чешское ВНЖ, а с фирмой сделать себе ВНЖ самый простой и надёжный способ.

Грозит ли возможное рзрешение продаж недвижимости иностранца в в Чехии, повышением цены на рынке?

Такие прогнозы существуют, более того говорят о том что само принятие законопроекта - не более чем пиар ход застройщиков. Поживем посмотрим.