Подскажите, насколько реально, открыв в Чехии работающую фирму, платя хорошие налоги и купив недвижимость, а также прожив необходимое количество лет на ВНЖ, получить ПМЖ? Дело в том, что мои знакомые, соблюдя все вышеперечисленные действия, не могут получить ПМЖ. Отказом является формальный повод. Не попаду ли я в их ситуацию?

Формальный повод как раз и говорит о том, что ваши знакомые пропустили, или не соблюли какую то формальность. Отказ не может исходить от настроения работника полиции по делам иностранцев, или из-за каких то дополнительных требований, не указанных в законе, или просто из-за неудачливости соискателя.
Закон имеет ясные требования, и при их выполнении ваши знакомые должны были получить ПМЖ. Не плохо было бы озвучить этот формальный повод, и тогда я могла бы нарисовать вам более ясную картину, и объяснить в чем возможная причина их неудачи.